Дезинфектор, присоединюсь к товарищам выше.
Система требует гораздо более интенсивного обмена с системным устройством. Абсолютное большинство критических повреждений файловой системы происходит во время операций записи. Таким образом, вероятность потерять или существенно повредить файловую систему (например, при сбое электропитания) несоизмеримо выше на системном диске, чем на диске, на котором хранится файлопомойка. Но систему восстановить можно в разумные строки (день-два), а потеря каких-нибудь фотоархивов, или, на дай бог, рабочих файлов - это полный абзац.
Маленький но гордый быстрый системный диск - правильное решение.
